El día 5 de Marzo de 1939, ya habían transcurrido más de dos años y siete meses del comienzo de la Guerra Civil Española, donde Guillermo Ascanio, y sus tropas, habían sido piezas fundamentales, sobre todo en la defensa de Madrid. Tal es así, que una copla muy popular, versionadas porteriormente por Joan Manuel Serrat, Vetusta Morla, Boikot… recordaba la resistencia de las milicias dirigidas por el gomero en la defensa del Puente de Los Franceses:
Puente de los Franceses, (bis), (bis)
mamita mía nadie te pasa, nadie te pasa.
Porque los milicianos, (bis), (bis)
mamita mía que bien te guardan, que bien te guardan
Por la Casa de Campo, (bis), (bis)
mamita mía y el Manzanares, y el Manzanares
Quieren pasar los moros, (bis), (bis)
mamita mía no pasa nadie, no pasa nadie
Madrid ¡que bien resistes!, (bis), (bis)
mamita mía los bombardeos, los bombardeos (…)
Pero ese día, el Coronel Segismundo Casado da un golpe de Estado contra el Gobierno Republicano encabezado por otro canario, el grancanario Juan Negrín. En la mañana las tropas de Casado toman muchas posiciones de importancia en la Capital (los Palacios de Buenavista, Comunicaciones y Gobernación, la Dirección General de Seguridad, el Banco de España, la Telefónica, estaciones de radio, etc.), con la intención de derrocar al gobierno. Su idea, poder pactar una paz con condiciones entre militares con el General Franco, una idea muy ingenua, a la vista de los acontecimientos.
Comenzaba aquí “la pequeña Guerra Civil” de Madrid, que duró una semana, hasta el martes 12 de Marzo de 1939. Al inicio las tropas de Guillermo Ascanio tuvieron que luchar prácticamente en solitario contra las tropas “Casadistas”, en la defensa del Gobierno por las calles de Madrid. El plan de Ascanio era avanzar sobre Madrid a través del Hospital del Rey para ocupar los Nuevos Ministerios y después siguiendo el Paseo de la Castellana llegar al centro de la capital. El ataque de las fuerzas de Ascanio a los Nuevos Ministerios, se inició al amanecer del martes 6 y poco después ocupaban la mayoría de las edificaciones. Al mediodía otras brigadas de la 8.ª División procedentes de la sierra ocupaban Chamartín y a media tarde la Ciudad Lineal, donde se encontraba el Estado Mayor del II Cuerpo de Ejército, lo que obligó a su comandante el coronel Emilio Bueno y Núñez de Prado a sumarse al contragolpe anticasadista. Por la noche llegaron a la Posición Jaca, sede del Estado Mayor del Ejército del Centro donde apresaron a varios militares casadistas pero no encontraron al propio Casado que había instalado su puesto de mando en los sótanos del edificio del Ministerio de Hacienda en la calle Alcalá. El día 8, y viendo que en esos momentos las tropas leales a Negrín llevaban la iniciativa, también se une a Ascanio el coronel Luis Barceló Jover, jefe del I Cuerpo de Ejército.
Pero el día 9 comenzaba a cambiar el escenario. En buena parte de la España republicana habían tomado el poder las tropas leales a Casado, y en Madrid comenzaban a llegar desde Guadalajara las brigadas del IV Cuerpo de Ejército a fortalecer las pociones de Casado. Además el propio gobierno de Negrín había salido de España. A todas estas el ejército franquista estaba colaborando con Casado atacando posiciones de los republicanos leales a Negrín, y permitiendo el paso de las de Casado. Día a día fueron perdiendo posiciones las tropas de Guillermo Ascanio y el resto de la resistencia, hasta que el día 12 se da por terminada esta segunda Guerra Civil.Las tropas de Casado detendrán a Guillermo Ascanio Moreno, enviándolo a la prisión de San Miguel de Los Reyes, en Valencia. Allí será entregado a las fuerzas franquistas, que lo trasladan a la cárcel de Porlier en Madrid. El 3 de Mayo de 1939 fue juzgado en un Consejo de Guerra y condenado a muerte.
A pesar de que hubo algunos planes para conseguir su fuga, permaneció en prisión hasta el día de su fusilamiento en las tapias del Cementerio Este de Madrid, el 3 de Julio de 1941. Treinta y tres años después de su nacimiento en Vallehermoso, moría asesinado un brillante intelectual por vocación y militar por obligación, víctima de dos Golpes de Estado infructuosos y dos Guerras Civiles.
